Introdução: A esclerose sistêmica (ES) é uma doença autoimune caracterizada pelo dano vascular, desregulação do sistema imunológico e fibrose da pele e órgãos internos. A injúria e apoptose das células endoteliais microvasculares são indicados como os eventos iniciais da doença, causando alterações fisiológicas e morfológicas no endotélio, levando a vasculopatia. Morfologicamente, a disfunção endotelial na ES se apresenta com progressiva redução da densidade capilar, associada à formação de uma arquitetura desorganizada e irregular dos capilares, decorrente de uma angiogênese superativada, mas disfuncional. A avaliação clínica não-invasiva da morfologia microvascular é feita pelo exame de capilaroscopia periungueal, que permite a visualização da integridade do leito capilar. Objetivo: Avaliar a ação do Transplante Autólogo de Células Tronco Hematopoeticas (TACTH) em promover alterações na morfologia da microvasculatura em pacientes com esclerose sistêmica, caracterizados por redução progressiva da densidade capilar. Pacientes e métodos: Dados clínicos e avaliação clínica-não invasiva pelo exame de capilaroscopia periungueal foram retrospectivamente coletados (2012 a 2016) de 10 pacientes com esclerose sistêmica submetidos ao tratamento com TACTH, nos períodos pré, D180+ e D360+ dias após o procedimento. Os seguintes parâmetros foram avaliados: número de capilares alças/mm, área avascular, megacapilares, capilares enovelados, áreas hemorrágicas. Resultados: A idade média (desvio padrão) dos pacientes foi de 34,5 (12,7) sendo 90% do sexo feminino. Houve melhora da função pulmonar avaliada pela capacidade vital forçada (CVF), com aumento em D+180. (p < 0,05), assim como melhora do escore clínico da fibrose avaliado pelo escore modificado de Rodnan, tanto em D+180 (p < 0,05) e D+360 (p < 0,01). O exame de capilaroscopia ungueal mostrou aumento do número de alças capilares em D180+ pós TACTH. (p < 0,01) e redução do número de megacapilares em D+180 e D+360 (p < 0,05). Os outros parâmetros avaliados não apresentaram alterações antes e após o transplante: área avascular (p = 0,06), capilares enovelados (p = 0,27), área hemorrágica (p = 0,66), capilares ectasiados (p = 0,49). Discussão: Os pacientes com ES apresentam um padrão de alterações morfológicas da microvasculatura caracterizados por capilares dilatados (megacapilares/ectasiados), áreas avasculares, micro-hemorragia e neoangiogenese. No presente estudo mostramos que o tratamento com TACTH promove aumento do número de alças capilares em D+180 pós transplante, juntamente a redução de capilares dilatados (megacapilares) nos períodos D+180 e D+360. Estes dados nos indicam melhora da morfologia microvascular, após o regime de imunossupressão, seguido de infusão de células-tronco. Assim, o transplante mostra ser uma terapia capaz de afetar o remodelamento vascular, melhorando o quadro de vasculopatia. Conclusão: O tratamento com TACTH promove alterações morfológicas no compartimento endotelial, aumentando o número de capilares e reduzindo o número de capilares dilatados, em pacientes com esclerose sistêmica.