A leucemia linfoblástica aguda de células precursoras B (LLA-CPB) é classificada pela ocorrência de alterações genéticas. As alterações de número de cópias (CNAs) em genes relacionados ao desenvolvimento de células-B, como por exemplo, as deleções em IKZF1 (IKZF1del), têm sido associadas a um aumento na taxa de recaída e prognóstico desfavorável. O subgrupo IKZF1plus é definido pela coocorrência de IKZF1del e de deleções em CDKN2A, CDKN2B, PAX5 ou na região pseudoautossômica 1 (PAR1), na ausência de deleções de ERG. Os pacientes com este perfil genômico apresentam um pior prognóstico e maior risco de recaídas. Desta forma, nosso trabalho visa identificar novas alterações genéticas associadas com IKZF1plus em LLA-CPB através do ensaio de MLPA digital.

Amostras de pacientes pediátricos e adultos diagnosticados com LLA-CPB foram caracterizadas por RT-PCR, FISH e MLPA convencional (ensaio P335). Com isso, foi possível definir os perfis de CNAs para a caracterização dos três grupos estudados: IKZF1plus, IKZF1del não plus e IKZF1selvagem. Dessa forma, 25 pacientes foram incluídos para uma caracterização genética mais completa pela técnica de MLPA digital. Para a validação dos resultados encontrados na coorte de descoberta do estudo, utilizamos dados de WGS de 126 pacientes com LLA-CPB (ALL Expansion Phase II) da iniciativa TARGET. Os testes de X2 e Fisher foram usados para avaliar a significância estatística das associações entre as diferentes variáveis. A concomitância de deleções genéticas foi avaliada através de matrizes de correlação de acordo com o status de IKZF1, utilizando o pacote corrplot no programa RStudio. Valores de P < 0,05 foram considerados estatisticamente significantes.

Compilando os resultados de MLPA, selecionamos os pacientes de acordo com o status de IKZF1: IKZF1plus (32%), IKZF1del não plus (36%) ou IKZF1selvagem (32%). Observamos que 52% dos pacientes apresentavam idade ≤12 anos e 56% eram do sexo masculino. Em relação aos subgrupos moleculares, os pacientes apresentaram as alterações BCR-ABL1 (32%), hiperdiploidia (20%) e TCF3-r (4%), sendo 20% classificados como B-others. Em seguida, realizamos análise de frequências de CNAs em marcadores com importante relevância prognóstica e terapêutica. Observamos uma alta frequência de deleções no gene VPREB1 (22q11.22) no grupo IKZF1plus (50%) comparado a IKZF1del não plus (33%) e IKZF1selvagem (12,5%). Deleções em CD200 (3q13.3) também foram mais frequentes em pacientes IKZF1plus (37,5%) do que em IKZF1del não plus (0%) e IKZF1selvagem (12,5%). Além disso, foi observado que o grupo IKZF1plus apresenta deleções adicionais, mutuamente exclusivas, nos genes CD200, EBF1, LEF1, NR3C1, NR3C2, RB1, TOX e RAG2. A alta frequência de deleções em VPREB1 também foi observada na coorte de validação ao compararmos IKZF1plus com IKZF1selvagem (72,8% vs 19,4%, P < 0,01). Entretanto, não foi possível confirmar a maior frequência de deleções em CD200 no grupo IKZF1plus quando comparado aos demais grupos.

Nossos resultados sugerem que deleções em VPREB1 são recorrentes, especialmente em pacientes IKZF1plus. Considerando os recentes relatos de que a concomitância destes eventos confere uma sobrevida ainda pior aos pacientes, concluímos que VPREB1 é um biomarcador que pode auxiliar na estratificação de risco terapêutico para pacientes IKZF1plus.