A leucemia mieloide aguda (LMA) é uma neoplasia hematológica caracterizada pela proliferação descontrolada de blastos. Trissomias isoladas, como +8, representam cerca de 90% das anormalidades cromossômicas em 55–60% dos pacientes adultos com alterações citogenéticas. Essas alterações promovem instabilidade genômica e impactam negativamente os processos de proliferação, diferenciação e apoptose, influenciando a estratificação terapêutica e ressaltando a necessidade de abordagens terapêuticas direcionadas.

Identificar fármacos candidatos ao tratamento da LMA com trissomia isolada 8 (IT-8) por meio da análise de dados de RNA-seq.

Foram analisadas cinco amostras de pacientes com IT-8 comparadas a três amostras controle com LMA citogeneticamente normal (CN). Os dados de RNA- seq foram processados com remoção de sequências abundantes (rRNA) via Bowtie, alinhamento ao genoma de referência com STAR e quantificação de transcritos com Salmon. A análise de expressão diferencial entre IT-8 e CN foi conduzida com os pacotes edgeR, DESeq2 e Limma no R, utilizando normalização, filtragem de genes de baixa expressão e critérios de |log2FC| > 1 e p < 0,05. Os genes diferencialmente expressos (DEGs) foram integrados entre os métodos, e padrões de expressão foram explorados por PCA, clusterização hierárquica e heatmaps. A análise funcional foi realizada por GSEA (Hallmark e KEGG) com o pacote clusterProfiler (FDR < 25%, p < 0,05), e ontologia gênica por DAVID. A predição de sensibilidade a fármacos foi realizada com OncoPredict, gerando valores preditos de IC50 com base nos perfis de expressão, comparados entre os grupos por teste de Wilcoxon.

A IT-8 apresentou o maior número de DEGs entre os grupos analisados, totalizando 1.336 genes (550 upregulados e 786 downregulados), sugerindo uma ampla desregulação transcricional. A análise de enriquecimento funcional revelou ativação significativa de vias associadas ao estresse celular e à sinalização oncogênica, incluindo as vias de Espécies Reativas de Oxigênio (ROS), sinalização KRAS e Resposta a Proteínas Desenoveladas (UPR), indicando estresse oxidativo e proteotóxico acentuado, além de ativação anormal de cascatas oncogênicas. Complementarmente, a análise de uma assinatura de 60 DEGs compartilhados entre os subgrupos de trissomias identificou nove genes centrais (hub genes) por rede bayesiana baseada em dados de medula óssea humana. Esses genes estão envolvidos no controle do ciclo celular (MCM4, CDC7, CDC25A, DHFR), na resposta ao estresse e proteostase (HSPA5, DNAJC3, CALR, HSP90B1) e na sinalização inflamatória (HSP90B1), reforçando alvos terapêuticos potenciais específicos da trissomia 8. A análise preditiva de sensibilidade a fármacos identificou compostos promissores para IT-8: MK-1775 (Adavosertib), inibidor de WEE1/PLK1, induz catástrofe mitótica e apresenta sinergia com citarabina; MK-8776, inibidor de CHK1, potencializa danos ao DNA, com sinergia com citarabina ou vorinostat; VE821_2111, inibidor de ATR, exacerba estresse replicativo, sugerindo combinação com inibidores de PARP; e Luminespib_1559, inibidor de HSP90, promove degradação de oncoproteínas.

Os resultados sugerem que terapias direcionadas, como inibidores de WEE1, CHK1, ATR e HSP90, são promissoras para LMA com trissomia 8, abrindo caminho para estudos clínicos futuros.