A ferramenta String usa dados de vários bancos genômicos e proteômicos para criar redes de interações proteína-proteína, tanto funcionais quanto físicas. Além disso, a ferramenta usa textmining para converter textos de artigos científicos em dados úteis para diversas áreas das ciências. Compreender as interações entre proteínas é essencial para elucidar processos biológicos e patológicos. Atualmente, não há estudos sobre as interações entre genes que expressam proteínas dos fenótipos eritrocitários. A análise das interações no sistema String pode esclarecer essas relações e fornecer informações valiosas.
Objetivos: Analisar as interações das proteínas codificadas por genes formadores de antígenos eritrocitários.
Material e métodos: Análise de interações entre genes que expressam proteínas relacionadas aos fenótipos eritrocitários (ABO, Rh, Kell, Duffy, Kidd e MNS) usando o banco de dados String. Ele fornece um score para essas interações, calculado como o log10 da razão entre o número observado de interações e o número esperado em uma rede aleatória de tamanho equivalente.
Resultados: O ABO (gene ABO, ISBT 001 ) interage fortemente com os genes FUT1 e FUT2, com scores de 0,934 e 0,927, respectivamente, e também apresenta interações com outros genes FUT (3, 5 e 6). O ABO apresenta também interação de textming com todos os genes citados. Os genes do sistema Rh (RH e RHCE, ISBT 004 ) mostram alta interação e co-expressão entre si. O RHD interage fortemente com RHAG, GYPB e CD47 (scores acima de 0,940), enquanto o RHCE interage com RHAG, GYPB, GYPA, TMEM50A e CD47 (scores acima de 0,930). O sistema KEL (gene KEL, ISBT 006 ) possui alto valor de score com 3 genes que expressam proteínas de membrana: XK, XKR3 e XKRX; e com o RDN3. O FY (gene ACKR1, ISBT 008 ), do sistema Duffy tem alta interação com CXCL8, TNFRSF14, CCL2, NECTIN1 e CXCL1, todos com scores acima de 0,993, e textmining também com todos os citados com scores acima de 0,987. O JK (gene SLC14A1, ISBT 009 ) do sistema Kidd mostra interações com CFB, GATA1, SLC4A1, KEL e RHCE, variando de altos a médios scores, respectivamente. Os genes do MNS (GYPA e GYPB, ISBT 002 ), interagem entre si com um score de 0,999 e também com scores altos com os genes SLC4A1, RHAG e RHCE. Além disso, GYPA interage com ANK1 e GYPB com CD47.
Discussão: O sistema ABO interage com os genes FUT devido ao seu papel na formação do antígeno H e na codificação de glicosiltransferases. Os genes RHD e RHCE interagem com RHAG, que codifica uma glicoproteína associada ao sistema Rh, e com CD47 (assim como GYPB), uma proteína de membrana. O sistema KEL interage com a RDN3, que codifica a Endotelina-3, potencialmente influenciando a expressão dos antígenos KEL. O FY interage com interleucinas-1 e -8, a quimiocina MCP-1, o receptor HVEM e a Nectina-1; exceto a Nectina-1, todas as interações estão relacionadas ao sistema imunológico. O JK interage com o CFB, que codifica o fator B do sistema complemento; GATA1, importante para a hematopoiese; e SLC4A1, que codifica a proteína AE1 essencial nas hemácias. O MNS interage com o ANK1, crucial para a integridade das hemácias.
Conclusão: Esses resultados clarificam as redes de interação entre proteínas e podem ajudar a esclarecer processos biológicos e patológicos dos fenótipos eritrocitários. Há ainda muito a explorar sobre o proteoma humano, especialmente em relação às proteínas relacionadas aos fenótipos sanguíneos, abrindo assim caminhos para novas pesquisas na área.
