Desenvolver e validar um teste genético para análise de mutações somáticas relacionadas a leucemia linfoblástica aguda (LLA) e assim dispor de uma abordagem molecular de investigação genética por meio de sequenciamento de nova geração.

Foram selecionados, após análise de bancos de dados e literatura científica, 66 genes para o sequenciamento de nova geração. Por meio de sequenciamento do DNA identificam-se as alterações pontuais (SNVs) e as pequenas inserções e deleções em 51 genes; e, por sequenciamento de RNA, as fusões gênicas, envolvendo 27 genes. Foram utilizadas 40 amostras de pacientes e dois controles comerciais para a validação analítica e amostras de nove pacientes com diagnóstico de LLA, provenientes do Hospital Beneficiência Portuguesa, para a validação clínica.

Na validação analítica foi identificada 92% de sensibilidade e 99% de valor preditivo positivo (VPP) para as variantes de SNV e indels. Para as fusões gênicas, a sensibilidade e VPP foram de 100% nas 27 amostras com seis tipos de fusões gênicas avaliadas (BCR::ABL1, PML::RARA, KMT2A::MLLT4, RUNX1::CBFA2T3, ETV6::RUNX1 e RUNX1::RUNX1T1). Na validação clínica, seis amostras foram submetidas, para comparação, ao teste da FoundationOne Heme, padrão-ouro para esta análise, e apresentaram 100% de concordância em relação às variantes relatadas. No que diz respeito às fusões, em três casos também houve 100% de concordância com FISH (dois com rearranjo BCR::ABL1; um com rearranjo do gene MLL). Desde a implantação do teste, foram encontrados quatro casos com fusões (TCF3::PBX1, MEF2D::BCL9, PAX5::PML e KMT2A::MAML2), dois casos com variante patogênica no gene KRAS (p.Gly13Asp) e dois no gene NRAS (p.Gln61Arg e p.Gln61His), em crianças. Entre os adultos, foram detectados 15 casos com fusões gênicas, sendo 10 com BCR::ABL1, dois com KMT2A::AFF1 e os demais com EP300::ZNF384, SET::NUP214 e TCF3::PBX1. Além disso, foram reportados outros cinco casos com variantes patogênicas relevantes, como a IDH1 p.Arg132Ser, em dois; PAX5 p.Pro80Arg, em um; e KRAS p.Gln61His e PTPN11 p.Gly503Ala, em um.

A LLA é um conjunto de neoplasias linfoides, geneticamente heterogêneo, com diagnóstico complexo, devido às características clínicas, morfológicas, imunofenotípicas, citogenéticas e moleculares. A detecção de diversas alterações genéticas, por meio de metodologia abrangente e mais sensível, tal qual o sequenciamento de nova geração, permite a estratificação de risco e o direcionamento apropriado do tratamento.

O teste validado tem desempenho adequado tanto para a detecção de fusões como de mutações somáticas e tem se mostrado muito útil na prática clínica.