A leucemia linfoblástica aguda de células-T (LLA-T) é uma neoplasia agressiva que apresenta uma ampla heterogeneidade molecular. Porém, dentre as inúmeras alterações moleculares identificadas, nenhuma possui valor prognóstico consensual ou é utilizada como critério de estratificação de risco nos protocolos terapêuticos. A superexpressão de CRLF2 representa um potencial biomarcador de risco prognóstico, pois está associada a uma pior resposta aos glicocorticoides e a reduzida taxa de sobrevida livre de eventos na LLA-T. Nosso grupo demonstrou que esta superexpressão está associada à presença de mutações que levam a estabilização da proteína intracelular de NOTCH1, entretanto os mecanismos responsáveis por esta desregulação permanecem desconhecidos. Portanto, este estudo teve como objetivo investigar os mecanismos responsáveis pela superexpressão de CRLF2 na LLA-T.

Foram avaliados dados disponíveis online de 264 pacientes (Therapeutically Applicable Research to Generate Effective Treatments) e 8 linhagens celulares de LLA-T (Cancer Cell Line Encyclopedia e Gene Expression Omnibus). Informações de expressão gênica, mutações, alterações de número de cópias e fusões gênicas, geradas pelo sequenciamento de RNA (RNA-seq), sequenciamento do exoma completo e microarranjos, foram utilizadas para caracterizar os pacientes subdivididos em grupos de acordo com a expressão de CRLF2. Dados de imunoprecipitação da cromatina seguida de sequenciamento (ChIP-seq) foram utilizados para avaliar as regiões regulatórias de CRLF2 em linhagens celulares. Analisamos dados de RNA-seq gerados em estudos sobre a perda do complexo Polycomp Repressive Complex 2 (PRC2) nas linhagens LOUCY e JURKAT. Finalmente, foi realizado um ensaio de ChIP quantitativo (qChIP) para investigar a ligação de MEF2C nas regiões regulatórias de CRLF2.

Inicialmente, observamos um enriquecimento de amostras de LLA de células-T precoces (LLA-ETP) no subgrupo CRLF2 -alto (23,08% versus 4,02%, p = 7,579e-06), sendo que, ambos os subgrupos compartilhavam um perfil de ativação transcricional semelhante. Além disso, a presença de mutações em JAK3, RUNX1 e EZH2 e deleções em TCF7 representava um maior nível transcricional de CRLF2 (p = 0,0063, p = 0,0009, p = 0,0170 e p = 0,0102, respectivamente). Um achado interessante foi que, a partir da restauração do padrão da cromatina regulado por PRC2, a expressão de CRLF2 foi significativamente reduzida na linhagem celular de LLA-ETP, LOUCY, (p = 0,0095). Porém, na JURKAT, célula obtida de LLA-T mais madura, a inibição de PRC2 não foi capaz de elevar a expressão deste gene. Subsequentemente,identificamos regiões de enhancer de CRLF2 ativas na LOUCY que podem ser reconhecidas por até 104 fatores de transcrição (FTs). Filtramos aqueles relacionados à LLA-ETP e ao subgrupo CRLF2 -alto e elegemos MEF2C como potencial regulador desta superexpressão. Então, através do ensaio de qChIP, avaliamos a ligação desse FT às regiões regulatórias de CRLF2 e demonstramos que MEF2C se liga à região de enhancer deste gene.

A superexpressão de CRLF2 está associada com o subtipo LLA-ETP e compartilha um perfil de ativação transcricional com este subgrupo. a presença de mutações específicas e recorrentes na LLA-T são eventos associados a desregulação desse gene. Além disso, a perda da atividade do complexo repressor PRC2 e a ativação de MEF2C são eventos que podem desencadear a superexpressão de CRLF2 na LLA-T.