A leucemia linfoblástica aguda (LLA) é uma neoplasia hematológica caracterizada pela proliferação descontrolada de precursores linfoides. A presença do cromossomo Philadelphia (Ph) confere pior prognóstico, reforçando a necessidade de ferramentas moleculares complementares para sua identificação. A integração entre peptidômica clínica, espectrometria de massa e aprendizado de máquina oferece uma abordagem inovadora para a identificação de potenciais biomarcadores plasmáticos e estratificação molecular em contextos clínicos.

Comparar o perfil peptídico plasmático de pacientes com LLA em relação a indivíduos saudáveis e explorar possíveis diferenças associadas à presença do cromossomo Philadelphia.

Foram analisadas amostras de plasma de 16 pacientes com LLA, dos quais 6 eram Philadelphia positivo (Ph+) e 10 Philadelphia negativo (Ph–), atendidos no Hospital das Clínicas da Universidade Federal de Minas Gerais (HC-UFMG), além de 15 indivíduos controles saudáveis, pareados por idade e sexo. Os espectros foram obtidos por espectrometria de massa do tipo Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization – Time of Flight (MALDI-TOF) e processados no software R com os pacotes MALDIquant e MALDIquantForeign, incluindo transformação logarítmica, suavização (Savitzky-Golay), correção de baseline (TopHat), normalização por TIC, alinhamento e binning. A matriz de intensidades resultante foi utilizada em testes estatísticos não paramétricos (Mann-Whitney) e na análise de componentes principais (PCA), bem como em análises supervisionadas por meio de árvores de decisão (CHAID) e regressões logísticas binárias. Para o subgrupo Ph, comparou-se a distribuição dos íons entre os grupos Ph + e Ph – utilizando o teste de Wilcoxon.

Após o processamento espectral das amostras de plasma por MALDI-TOF/MS, que inclui etapas de transformação, suavização, correção de baseline, normalização, alinhamento e binning, foi gerada a matriz de intensidades utilizada nas análises comparativas entre pacientes com LLA e indivíduos controles. A partir dessa matriz, aplicou-se uma abordagem supervisionada, que revelou dois íons com diferenças estatisticamente significativas entre os grupos (p < 0,001): um deles apresentou intensidade aumentada nos pacientes com LLA, enquanto o outro foi mais abundante nos controles. A análise entre os subgrupos Ph + e Ph – indicou diferenças peptídicas relevantes, com significância estatística pelo teste de Wilcoxon. A análise PCA reforçou essa diferenciação, evidenciando um agrupamento parcial dos pacientes conforme a presença da mutação Ph, ainda que o número amostral reduzido limite conclusões definitivas.

A abordagem peptidômica demonstrou capacidade de discriminar pacientes com LLA de indivíduos saudáveis com base em assinaturas plasmáticas. As diferenças observadas entre os subgrupos Ph + e Ph -, embora preliminares, indicam o potencial da técnica para estratificação molecular. Os achados observados entre os subgrupos Philadelphia positivo e negativo demonstram o potencial da abordagem peptidômica na estratificação molecular da LLA, constituindo base sólida para o desenvolvimento de modelos preditivos em estudos futuros com coortes ampliadas. O estudo identificou dois íons com potencial diagnóstico na LLA, reforçando a aplicabilidade da peptidômica clínica como ferramenta não invasiva.