A Candidíase é uma infecção fúngica de caráter oportunista, ocasionada por leveduras que estão presente em nossa microbiota normal, demonstrando assim, a necessidade de uma alteração no equilíbrio do hospedeiro para que a doença supere o sistema imunológico do paciente e se estabeleça, sendo a quimioterapia, imunossupressão e medicamentos, formas de alterar o sistema imunológico. Comparar os métodos automatizados VITEK e MALDI-TOF na identificação à nível de espécie das leveduras do tipo Candida. Os indivíduos inclusos na pesquisa foram pacientes internados da Fundação Hospitalar de Hematologia e Hemoterapia do Amazonas. O período de coleta ocorreu entre novembro de 2017 a outubro de 2018. Do total de 11 pacientes coletados, 54% (6) eram do sexo masculino e 46% (5) feminino, com média de idade variando entre 2 a 72 anos, sendo 46% (5) portadores de Leucemia Linfoblástica Aguda, 18% (2) de Leucemia Mielóide Aguda, 18% (2) de Linfoma Não-Hodgkin, 9% (1) de Trombocitemia Essencial e 9% (1) de Anemia Hemolítica Idiopática. De 13 amostras clínicas, 53% (7) eram do sangue periférico, 15% (2) de pele, 8% (1) de cateter, 8% (1) de medula óssea, 8% (1) de urina e 8% (1) de escarro. As espécies identificadas foram 23% (3) Candida parapsilosis, 15% (2) Candida albicans, 15% (2) Candida glabrata, 8% (1) Candida tropicalis e 8% (1) Crytococcus neoformans. 31% (4) das amostraram demonstraram a discordância quanto as análises: VITEK/MALDI-TOF, como Candida famata/Candida tropicalis, Candida famata/Candida orthopsilosis, Cryptococcus laurentii/Candida orthopsilosis,Candida guilliermondii/Candida parapsilosis. Os resultados obtiveram boa performance em ambos equipamentos, porém, algumas espécies crípticas apresentaram espectros similares que são de difícil diferenciação, necessitando melhoria das bibliotecas de referência comercializadas e comprovação a nível molecular. Concluímos que os perfis bioquímicos representam um método rápido para identificar espécies clínicas de Candida e podem apresentar benefícios claros quando comparados com o desempenho de métodos laboratoriais de rotina utilizados em centros de saúde e hospitais.