A superexpressão do gene FLT3 é uma alteração recorrente nas leucemias agudas (LAs), que pode levar a ativação constitutiva de seu receptor tirosina quinase por mecanismo independente de ligante, resultando em aumento de proliferação celular, redução da apoptose e inibição da diferenciação celular. Ao longo do tempo, muitos estudos associaram esta alteração à presença de mutações ativadoras em FLT3, sendo esta considerada a principal causa da desregulação transcricional deste gene. Entretanto, muitos pacientes com superexpressão de FLT3 não apresentam estas mutações, sugerindo que há outros mecanismos, ainda desconhecidos, responsáveis pela superexpressão. Com o advento das tecnologias de larga escala combinado aos avanços na bioinformática, que desenvolveram estratégias para se avaliar o perfil genômico, epigenômico e transcriptômico de forma integrada, cada vez mais tem sido possível identificar e caracterizar o papel de elementos regulatórios, como os enhancers, na desregulação da expressão de diversos proto-oncogenes. Diante deste cenário, nós hipotetizamos que o mecanismo de ativação através de enhancers possa ser responsável pela superexpressão de FLT3 nas LAs.

Portanto, este estudo pretende identificar enhancers ativos associados a superexpressão de FLT3, bem como rastrear possíveis alterações genéticas presentes nestas regiões.

Para isso, nós quantificamos 45,256 RNAs enhancers (eRNAs) já anotados no genoma humano para a identificação de enhancers ativos utilizando dados de RNA-seq. Foram analisadas 543 amostras de pacientes diagnosticados com LMA (n = 157), LLA-B (n = 122) ou LLA-T (n = 264) e que estavam depositadas no banco de dados TARGET. Através da análise de atividade diferencial entre os grupos com mutação em FLT3, e com alta ou baixa expressão de FLT3, nós identificamos 385 eRNAs com alta atividade nos pacientes de LMA, 1551 na LLA-B e 726 na LLA-T associados a superexpressão de FLT3. Dentre eles, um eRNA correspondente a região próxima ao gene FLT3 (eRNA-FLT3) foi altamente correlacionado com a expressão do mesmo (R = 0,77 na LMA; R = 0,79 na LLA-B; R = 0,80 na LLA-T; p-valores < 0,0001). Paralelamente, nós avaliamos possíveis SNVs, pequenas indels e alterações no número de cópias nesta região, utilizando dados de WGS/WES e SNP array oriundos das amostras de pacientes. Contudo, nenhuma alteração genética foi encontrada.

O enhancer caracterizado compreende uma região de 317pb no chr13, onde existem sítios de ligação para fatores de transcrição como CTCF, ZNF143, SMC3 e RAD21 (importantes para estruturação do loop de interação entre enhancer-promotor), além de MYC e MAX (reguladores de ativação transcricional presentes no promotor de FLT3).

Nossos dados sugerem uma participação do eRNA identificado, na posição downstream ao promotor de FLT3, na ativação oncogênica deste gene. Estudos adicionais serão necessários para melhor entendimento desta alteração.