A leucemia linfoblástica aguda de células precursoras B (LLA-CPB) pode ser classificada pela ocorrência de várias alterações genéticas. O subgrupo IKZF1plus é definido pela coocorrência de IKZF1del e de deleções em CDKN2A, CDKN2B, PAX5 ou na região pseudoautossômica 1 (PAR1), na ausência de deleções de ERG. Os pacientes com este perfil genômico apresentam um pior prognóstico e maior risco de recaídas. Desta forma, nosso trabalho visa caracterizar a heterogeneidade molecular e identificar marcadores moleculares associados com a presença de IKZF1plus em LLA-CPB.

Foram avaliadas duas séries de casos independentes (TARGET e GenLAb). Realizamos análises de expressão diferencial entre grupos de pacientes do TARGET: IKZF1plus, IKZF1dele IKZF1selvagem. A quantificação da expressão dos genes foi realizada por sequenciamento de RNA (RNA-seq) e a análise dos dados através do DESeq2. A caracterização molecular das amostras GenLAb foi por RT-PCR, FISH e MLPA convencional/digital. A quantificação da expressão gênica foi realizada por RT-qPCR. Os testes de X2 e de Fisher foram usados para avaliar a significância estatística das associações entre as diferentes variáveis avaliadas. Valores de P < 0,05 foram considerados estatisticamente significantes. As análises de sobrevida foram realizadas utilizando o método de Kaplan-Meier e as diferenças entre os grupos foram comparadas pelo teste de log-rank (<0,10).

Foram incluídos 125 pacientes do TARGET que foram agrupados em IKZF1plus (12,8%), IKZF1del (9,6%) ou IKZF1selvagem (78,4%). A análise de expressão diferencial mostrou que os genes que codificam proteínas de membrana mais associados ao grupo IKZF1plus são: KCNA5, GREB1, EPOR, SDK1 e PTPRB. Foram caracterizados, 60 pacientes do nosso laboratório (GenLAb). A frequência de pacientes agrupados como IKZF1plus, IKZF1del e IKZF1selvagem foi 33,3% em todos os grupos. Em relação aos pacientes IKZF1del, 81,8% dos pacientes foram categorizados com risco prognóstico alto e não houve diferença em relação ao sexo nos três grupos de IKZF1. Observamos que o gene KCNA5 apresentou-se mais expresso no grupo IKZF1plus quando comparado ao grupo IKZF1del (p = 0,038) e IKZF1selvagem (p = 0,001). Por outro lado, o gene GREB1 apresentou-se menos expresso no grupo IKZF1plus quando comparado ao grupo IKZF1del (p = 0,052) e IKZF1selvagem (p = 0,008). Esses resultados corroboram com os resultados vistos pelo DESeq2 na série de casos de descoberta TARGET. Entretanto, não observamos significância estatística ao analisarmos a expressão dos genes PTPRB, SDK1 e EPOR nos grupos de IKZF1. Através de MLPA digital observamos uma alta frequência de deleções no gene VPREB1 (22q11.22) no grupo IKZF1plus comparado a IKZF1del não plus e IKZF1selvagem. Deleções em CD200 (3q13.3) também foram mais frequentes em pacientes IKZF1plus do que em IKZF1não-plus e IKZF1selvagem. Não observamos diferenças na sobrevida global entre os grupos.

Estes resultados nos permitiram: identificar um painel de genes diferencialmente expressos na série de casos TARGET entre os diferentes grupos de IKZF1; verificar que os níveis de expressão dos genes KCNA5 e GREB1 observados na série de caso GenLAb validam com os resultados observados pela DESeq2 na série de casos TARGET e que deleções em VPREB1 são recorrentes, especialmente em pacientes IKZF1plus, sendo um biomarcador extremamente relevante para auxiliar na estratificação de risco terapêutico para pacientes IKZF1plus.