Objetivos: O objetivo desse trabalho foi demonstrar a contribuição da técnica de genotipagem eritrocitária na prática transfusional. Material e métodos: Foram genotipadas 18 amostras de pacientes com fenotipagem inconclusiva ou incompleta. A extração do DNA das amostras foi realizada utilizando-se o conjunto “iopur Kit Extração Mini Spin Plus” (Mobius Life Sciences, Brasil) conforme instruções do fabricante e as determinações dos alelos RHCE (RHCE*C, RHCE*c, RHCE*E , RHCE*e), KEL (KEL*01 e KEL*02) e FY (FY*01 , FY*02) foram realizadas por PCR-SSP (Reação em Cadeia da Polimerase – Sequência Específica de Primers). As dificuldades e os motivos de não fenotipagens e das limitações da técnica foram levantadas. As análises estatísticas foram realizadas no SPSS 21.0 (IBM, 2012). Resultados: As causas de não fenotipagem inicial foram relacionadas à: anemia falciforme, autoanticorpo e/ou prova de Coombs direto positivo, campo misto e/ou dupla população, prova cruzada incompatível, transfusão recente e causas não descritas. Observou-se que as fenotipagens realizadas previamente, ainda que incompletas, conseguiram definir aproximadamente 50% dos antígenos de grupos analisados: 08 (44,4%) para antígenos RhC/RhE, 09 (50%) para antígeno Kell, Fya e Fyb e 10 (55,6%) para antígenos eritrocitários Rhc e Rhe. Observou-se a concordância com a genotipagem em 57 (96,61%) dos 59 antígenos testados sendo que em 2 (3,38%) casos houve discrepância de resultados entre as técnicas para os alelos RHCE*E e FY*B (FY*02). Discussão: A genotipagem foi eficaz na definição dos fenótipos eritrocitários em amostras que apresentavam dificuldade de realização da técnica sorológica ou foram inconclusivas. As discrepâncias podem ser justificadas: para RHCE*E pela presença de falsas reações positivas decorrentes da população mista de hemácias (células do doador + células do receptor); no caso específico de FY*B a genotipagem permite a identificação da presença da mutação deste gene nas situações onde este não é expresso na superfície das hemácias, mas é expresso em outras células endoteliais. Esta mutação no gene decorreu de um processo de seleção natural relacionada à defesa contra a infecção para o Plasmodium sp., uma vez que o antígeno Fy(b) é receptor necessário para que este parasita penetre na hemácia. A técnica de PCR-SSP é mais econômica comparada a outros métodos; porém, o método sorológico é mais rápido que os métodos moleculares. O tempo maior para leitura de resultados comparando aos métodos sorológicos se transforma numa barreira a ser vencida, principalmente nos casos de transfusões de urgência e emergência. Demonstra-se que as pesquisas com genotipagem eritrocitária apresentam um grande e próspero caminho pois oferece uma contribuição decisiva como técnica auxiliar na resolução de exames com fenotipagens inconclusivas. O campo da medicina transfusional está pronto para expandir o uso do diagnóstico molecular. Conclusão: Concluímos que a detecção de antígenos eritrocitários pela técnica PCR-SSP mostrou-se eficaz e viável quando a fenotipagem foi inconclusiva.