Objetivos: Estudos recentes demonstraram o impacto da microbiota intestinal na regulação da resposta imunológica, regulação do metabolismo do trato gastrointestinal (TGI) e proteção contra microorganismos patogênicos. Tendo em vista os impactos do transplante de células-tronco hematopoiéticas (TCTH) no TGI, o objetivo deste estudo foi avaliar o impacto do TCTH na microbiota intestinal de pacientes pediátricos. Este trabalho é continuação de um estudo previamente publicado dos mesmos autores. Materiais e métodos: Todos pacientes pediátricos que internaram na instituição para TCTH no período de abril de 2017 a novembro de 2018 foram convidados a participar do estudo. Nós coletamos duas amostras de fezes de cada indivíduo. A primeira coleta foi obtida no momento em que o paciente internou na Unidade, enquanto que a segunda foi no D28 pós TCTH. O critério de exclusão foi a falta de uma coleta adequada de fezes. As amostras foram congeladas a -80°C, até o momento da extração do DNA bacteriano. A amplificação da região hipervariável V4 do gene 16S rRNA foi realizada a partir do DNA extraído. Os produtos de PCR foram sequenciados no equipamento Ion Torrent Personal Genome Machine (PGM) System (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA). Os dados foram processados com o software QIIME, de acordo com as recomendações do Brazilian Microbiome Project (BMP). Foram calculados a abundância relativa, diversidade alfa (Chao-1, observed OTUs e PD whole three) e diversidade beta a partir da Análise de Coordenadas Principais (Weighted Unifrac test). Resultados: Sete pacientes foram incluídos nesta análise. Antes do transplante, os filos predominantes foram Bacteroidetes, Firmicutes e Actinobacteria. Após o procedimento, Proteobacteria foi o principal filo encontrado, sendo que dois pacientes apresentaram dominância intestinal por Enterobacteriaceae. Seis pacientes tiveram diminuição na diversidade alfa, na comparação entre pré e pós TCTH. O único indivíduo que não alterou de forma expressiva sua microbiota (índice diversidade beta = 0,26) apresentava uma abundância relativa de Bifidobacterium. Discussão: O TCTH tem um impacto considerável na microbiota intestinal dos pacientes. Neste estudo encontramos no D28 pós TCTH a dominância intestinal por Enterobacteriaceae em dois pacientes (associadas com piores desfechos no TCTH) e depleção de bactérias anaeróbias obrigatórias tais como Clostridiales, produtoras de metabólitos importantes (ácidos graxos de cadeia curta). Também foi observada diminuição no índice de diversidade alfa e um alto índice de diversidade beta, indicando uma mudança expressiva na microbiota intestinal dos indivíduos. Conclusões: Os resultados concordaram com estudos prévios sobre o tema em pacientes adultos, nos quais foi observada disbiose intestinal. Estudos que demonstrem o tipo de associação entre a microbiota intestinal e os desfechos clínicos no TCTH serão úteis para o manejo destes pacientes.