A mucosite oral (MO) é uma das complicações mais limitantes do transplante alogênico de células-tronco hematopoiética (alo-TCTH). Ainda há lacunas no entendimento da sua fisiopatogenese, em especial no reconhecimento do papel desempenhado pela resposta sistêmica e local. O objetivo deste trabalho foi avaliar a expressão de citocinas inflamatórias em saliva e plasma no desenvolvimento de MO, em pacientes submetidos ao alo-TCTH. Para tal, foi realizado um estudo de coorte prospectivo que incluiu 40 pacientes, maiores de 12 anos, submetidos ao primeiro alo-TCTH. As avaliações foram realizadas em dois tempos, T0 (pré-condicionamento imediato) e T1 (momento de pior grau de mucosite oral). No T0 foram coletados: índices de saúde bucal; plasma e saliva para quantificação das citocinas inflamatórias, TNF-α, IL-6, IL-1β, IL-8 e lactoferrina (LF), pelo teste ELISA; em T1 foram coletados o grau de mucosite oral (OMS) e repetidas as coletas para análise de citocinas. A mediana de idade foi de 36,7 anos (15 a 64), 62,5% eram do sexo masculino, 52,5% com doença maligna, 27,5% desenvolveram MO grau 1-2 e 20% grau 3-4. Houve correlação entre menor idade (ϱ = −0.38; p = 0,0169) e doença maligna (p: 0,01) com dor no momento da MO. Na comparação da expressão de citocinas entre T0 e T1 foi observado, redução de TNF-α (507: 359,1-733,0 × 389,8: 256,9-628,3; p: 0,036) e de LF (19,5: 4,6-37,8 × 8,8: 0,1-23,4; p < 0,0001) em plasma e aumento de TNF-α (0,0: 0,0-77,9 × 502,3: 0,1-1059,8; p: 0,004) e IL6 (29,5: 0,0-77,9 × 178,4: 57,1-650,9, p < 0,0001) em saliva. Na comparação entre saliva e plasma em T1, foi observada maior expressão de IL8 (754: 445,2-930,0 × 67,4: 43,8-99,2; p < 0,0001); IL6 (178,4: 57,1-650,9 × 105,8: 72,4-223,6; p: 0,01) e LF (165: 99,6-239,2 × 8,8: 0,0-23,4; p < 0,0001) em saliva e maior expressão de IL-1 β (295,3: 147,3-511,0 × 436,2: 241,2-716,4; p: 0,0046) em plasma. Foi encontrada correlação entre os níveis de TNF-α (ϱ: 0,40, p: 0,009) em T0 e de TNF-α (ϱ: 0,33; p: 0,03) e IL6 (ϱ: 0,36; p: 0,02) em T1 no plasma; e de IL8 (ϱ: 0,33; p: 0,03), TNF-α (ϱ: 0,52; p: 0,0005), IL6 (ϱ: 0,62; p < 0,001) e LF (ϱ: −0,38; p: 0,01) em T1 de saliva com a gravidade de MO. Houve correlação entre os níveis de IL6 (ϱ: 0,40; p: 0,008) em plasma e de IL8 (ϱ: 0,45; p: 0,0031), TNF-α (ϱ: 0,40; p: 0,01), IL6 (ϱ: 0,52; p: 0,0005) e de LF (ϱ: −0,31; p: 0,04) em saliva com a dor no momento da MO. Em contraste com a literatura, a condição de saúde bucal no pré transplante não apresentou correlação com a gravidade da MO, esse fato pode estar associado à boa condição de saúde bucal na população estudada. Todos os pacientes incluídos foram submetidos ao preparo odontológico antes da internação do transplante. Este estudo foi inédito em apresentar maior expressão de citocina inflamatória em saliva do que em plasma no momento da MO e, redução do status inflamatório sistêmico, em contraponto com o aumento da expressão de citocina salivar (comparação de T0 × T1). Esse achado pode ser explicado pela inflamação decorrente da doença de base, do tratamento quimioterápico realizado antes do TCTH e pela habitual neutropenia e linfopenia no momento da MO. Novos estudos, precisam ser realizados para confirmar o papel anti-inflamatório da LF em saliva e pro-inflamatório de TNF-α, IL6, IL8 na MO decorrente do TCTH. Esses são potenciais marcadores para avaliação prognóstica e terapêutica da MO no cenário do alo-TCTH.